1885年末,皇宫事务部进行机构调整,撤销了莫斯科宫廷事务所,其职能交给新成立的莫斯科宫廷事务局。为了节省开支,事务局的人员编制大幅缩减。

自1886年1月开始,兵器库的工作人员全部并入莫斯科宫廷事务局编制,博物馆馆长和馆长助理职务取消,取而代之的是两个博物馆保管人的职务。

这一时期的莫斯科兵器库管理体系完全失去了在财政、行政,甚至是在纯粹的博物馆问题上的自主性。这必然会对博物馆的发展造成影响,使得兵器库与俄罗斯其他博物馆之间的联系也变得困难。尽管学术界对这些弊端提出异议,但该管理体系一直延续至1918年秋。

兵器库前馆长助理菲利蒙诺夫(至1893年)和恰耶夫(至1888年)出任兵器库保管人。此后,担任该职务的有建筑科学院院士帕夫利诺夫(1888-1898),科马罗夫斯基(1893-18989),特鲁托夫斯基(自1898年)和阿尔谢尼耶夫(1898-1919)。

保管人负责博物馆馆藏的保存和维护。这一时期,博物馆收藏品的研究工作得以继续进行,并出版了多卷册的藏品清单(1884-1893)。兵器库的许多研究人员都享有很高声誉:维克托罗夫、菲利蒙诺夫、帕夫利诺夫、特鲁托夫斯基、乌斯本斯基是莫斯科皇家建筑协会会员,其中特鲁托夫斯基还是莫斯科古钱币研究会会长。

第一次世界大战打乱了博物馆的工作。随着德军的推近,俄罗斯其它地方的博物馆陆续向兵器库转移文物,至11月兵器库被转移来的文物达2000多箱,共计文物10000多件。兵器库停止向公众开放,由于资金短缺兵器库的很多工作都被迫停止。

1917年“二月革命”激发了公众对莫斯科克里姆林宫宝藏的极大兴趣,知名历史学家和艺术家们计划将整个克里姆林宫打造成“博物馆之城”。然而,1917年秋发生的一系列重大事件,包括苏维埃政府迁至莫斯科和内战爆发,给克里姆林宫博物馆各项工作的开展带来了意想不到的新问题。

在1917年十月革命爆发时,兵器库管理者和工作人员完好保存了馆藏文物,在红色近卫军攻占克里姆林宫后,兵器库门口立即设起了保卫岗哨。

1917年2月至1918年秋,由于时局混乱,博物馆的部门归属问题已无从谈起。

 
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