Во второй половине 1929 года ситуация в музее становится чрезвычайно напряженной. С 1 декабря 1929 г. освобождается от занимаемой должности директор музея Д.Д. Иванов. 13 января 1930 года он уходит из жизни.
30-е годы были трагическими в истории музея. Увольняются почти все ведущие научные сотрудники, часть из них подвергается репрессиям. В 1934 году по так называемому “Кремлевскому делу” был арестован заместитель директора по научной работе В. К. Клейн. После увольнения Д.Д. Иванова, на должность директора музея один за другим назначаются люди, не имевшие ни образования, ни навыка музейной работы. Научная работа в музее практически замирает. Доступ экскурсантов в музей, находящийся на закрытой территории Кремля, крайне ограничен, однако работы по реэкспозиции музейных залов в духе новой идеологии продолжались.