Иконостас собора был создан в 1653 г. по инициативе патриарха Никона. В его шестидесяти девяти иконах иллюстрирована вся история человечества в соответствии с Библией. Верхний ряд – праотеческий - ветхозаветный период, предшествовавший воплощению Христа. В следующем, пророческом ряду изображены пророки перед Богоматерью Знамением, они держат свитки с текстами пророчеств о Христе. В праздничном ряду помещены иконы, посвященные основным событиям жизни Христа. Главным является Деисусный чин, напоминающий о Втором пришествии: перед Христом-Вседержителем предстоят в молитвенных позах Богоматерь, Иоанн Предтеча и, в соответствии с греческой традицией – двенадцать апостолов.
