В разделе сайта "Научные проекты" освещаются проблемы научной реставрации и использования памятников архитектуры Музеев Московского Кремля, а также ход реставрационных работ на этих объектах. Музейная реставрационная программа условно подразделяется на "Научные проекты" и "Текущую реставрацию". В первую группу включены проекты, которые предусматривают мероприятия, осуществляемые в рамках музея впервые. Они требуют проведения значительного объёма новых исследований, проектных разработок и экспериментальных работ. В этот раздел включена реставрация и музеефикация памятников, ранее используемых для административно-хозяйственных и вспомогательных нужд музея. Так, в Одностолпной палате Патриаршего дворца, которая с начала 1960-х годов функционировала как общественный туалет для посетителей музея, с октября 2005 г. после проведенной реставрации, возвратившей палате первозданный облик, открыт выставочный зал. В колокольне Ивана Великого, где до 1996 г. располагались хозяйственные службы музея, по завершении реставрации готовится открытие экспозиции, посвященной истории формирования архитектурного ансамбля Кремля и утраченным на протяжении веков историческим сооружениям этого ансамбля.

"Научные проекты" включают также научно-исследовательские и реставрационные работы, требующие разработки и применения новых методик и технологий. Например, реставрация резных белокаменных порталов Архангельского собора. До сих пор в течение многовековой эксплуатации памятника для поддержания внешнего вида порталов применялись лишь паллиативные меры, не устраняющие главные причины их разрушения. Это относится и к реставрации собора в XIX и XX веках. Устройство в конце 1970-х годов тепловой завесы в тамбуре еще более усугубило состояние белого камня. В результате постепенный износ его привел к утрате не только резьбы, но и самой формы отдельных элементов портала. В связи с сильными разрушениями встал вопрос о невозможности проведения полной реставрации их на месте и было принято решение о демонтаже особенно разрушенных деталей для выполнения реставрационных мероприятий в лабораторных условиях. Одновременно разрабатываются и реализуются меры, предотвращающие возникновение причин разрушения белого камня порталов. Параллельно рассматривается возможность установки отреставрированных деталей на место и обеспечения их целостности, или, как альтернатива, замены их вновь выполненными копиями с целью экспонирования подлинников в условиях, соответствующих их сохранности.

В подразделе "Текущая реставрация" освещаются систематически и планомерно проводимые реставрационно-консервационные и технические мероприятия, обеспечивающие физическую сохранность памятников архитектуры, их репрезентативный вид, а также оптимальные условия для нормального функционирования музейных помещений и сохранности содержащихся в них экспонатов.

В разделе "Научные проекты" освещаются также результаты археологических работ, сопутствующих всем земляным работам, проводимым на территории Кремля, а также реставрационным работам на памятниках архитектуры музея-заповедника.