После смерти царя Бориса в 1605 году в России началась ожесточенная борьба за власть. Она сопровождалась заговорами, появлением царей-самозванцев и иностранной интервенцией. Период 1605 - 1612 годы вошел в историю под названием Великой Смуты.

В 1612 году народное ополчение во главе с князем Дмитрием Пожарским и купцом из Нижнего Новгорода Кузьмой Мининым после упорных боев с поляками, длительной осады Китай-города и Кремля, освободило Москву от интервентов. По свидетельству современников, перед вошедшими в Кремль предстала картина полного запустения. Церкви были ограблены и осквернены, значительно пострадала царская сокровищница, все деревянные постройки были разобраны на дрова и сожжены. Всем миром москвичи стали расчищать кремлевский холм от всего, что напоминало о захватчиках.

В начале 1613 года в Грановитой палате Кремля был созван Земский собор, который избрал на царство шестнадцатилетнего Михаила Федоровича Романова - первого царя новой династии, правившей в России триста лет. В 1635-1636 годах "каменных дел подмастерья" Бажен Огурцов, Антип Константинов, Трефил Шарутин и Ларион Ушаков возвели для царя Михаила Федоровича Теремной дворец с приемными залами и жилыми покоями. Его живописный силуэт, высокая кровля и яркий декор придали парадной половине Государева двора празднично-нарядный облик.

XVII век был настолько насыщен событиями, что люди, жившие в это столетие, назвали его "бунташным". При этом они имели в виду не только восстания и войны, но и сам характер жизни русского общества. Середина XVII века была отмечена глубоким идеологическим кризисом, вошедшим в историю под названием Великого раскола. Его причиной стала реформа русской церкви, вдохновителем которой был царь Алексей Михайлович - сын царя Михаила Романова, а проводил ее на первых порах царский любимец - патриарх Никон.

В 1652-1656 годах, в период взлета своей карьеры, Никон перестроил патриарший дворец в Кремле. Исполнителями заказа были русские мастера Алексей Корольков и Иван Семенов. Особое восхищение современников вызывал парадный зал дворца - Крестовая палата, где заседали церковные соборы и устраивались пиры в честь высоких гостей. В каменных палатах дворца хранились сокровища Патриаршей ризницы, не менее ценные, чем Государева казна.

При всей устойчивости средневекового быта, в XVII столетии в него стали проникать элементы новой европейской культуры. Так, во времена царя Алексея Михайловича началось увлечение театром. Для спектаклей придворной труппы использовались кремлевские палаты боярина И.Д.Милославского, тестя царя Алексея Михайловича, выстроенные в начале 1650-х годов. И хотя в дальнейшем это здание неоднократно меняло свое назначение, в историю оно вошло под названием Потешного дворца (слово "потеха" означает "развлечение, забава").

Во время царствования Алексея Михайловича значительно вырос и усложнился государственный аппарат. В 1675-1680 годах было возведено новое двухэтажное здание приказов, которое протянулось вдоль бровки холма, от Архангельского собора почти до Спасской башни. Оно завершило формирование ансамбля Ивановской площади, на противоположной стороне которой к этому времени поднялись новые корпуса и храмы Чудова монастыря, и придало более законченный вид панораме Кремля со стороны Москвы-реки.

В 1620-1680-е годы получили ярусные шатровые завершения угловые и проездные башни Кремля (кроме Тайницкой и Никольской). Промежуточные башни, и особенно башни южной, речной стороны, были надстроены скромными низкими шатрами, не мешавшими обзору кремлевских соборов и дворцов.

К концу XVII века Кремль достиг своего расцвета. Самобытная красота и выразительность его архитектурно-художественного ансамбля вызывала у современников не только искреннее восхищение, но и образное сравнение с райским градом Иерусалимом.

Вместе с XVII столетием закончился средневековый период русской истории с его традиционной культурой, устоявшимся бытом, представлениями о мироздании. "Златоглавая матушка Москва" выполнила свою миссию собирания земель и создания единого Российского государства.